La actual Aljafería se asienta sobre el antiguo palacio islámico construido a partir del año 1065 por el segundo rey de la dinastía de los Banu Hud de la taifa de Saraqusta , conociéndosele "palacio de la alegría". Más tarde se conocería el palacio como al-Yafariyya, derivado de Abu-Ya’far, prenombre que según las costumbres musulmanas llevaba el rey, del que procede el nombre romanceado de Aljafería. Tras la conquista de Zaragoza por Alfonso I el Batallador en 1118, pasó a ser propiedad de los Reyes de Aragón y residencia real. Es durante el reinado de Pedro IV en el siglo XIV, cuando se llevan a cabo la mayor parte de las obras mudéjares del palacio (capillas de San Martín y San Jorge, segunda planta del palacio mudéjar y recrecimiento de la Torre del Trovador). A finales del siglo XV los Reyes Católicos llevan a cabo una profunda reforma (construcción de la escalera, el Salón del Trono y dependencias anexas), alterando significativamente el palacio. Desde 1486 fue también sede del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición con sus estancias palaciegas propias y nuevas construcciones.
El palacio es un claro exponente de mezclas de estilo, el mudéjar, el gótico y el renacentista. Los techos de madera que se conservan proceden de la época de la remodelación de los Reyes Católicos del siglo XV y son en su mayoría alfarjes, salvo el artesonado del salón del Trono, cuya tipología con artesas se aproxima más al estilo renacentista de cubrición.
Artesonado mudéjar-renacentista del Salón del Trono, ricamente ornamentado con sus cuadrados bordeados con estrellas de 8 puntas enlazadas, octógonos inscritos con racimos de mocárabes. y bordeados por la heráldica de Isabel y Fernando.
Sala de Pedro IV
Sala de los pasos perdidos
Alfarjes de otras salas con diseño geométrico básico de 8 puntas
Escalera
Sala de deliberaciones
Sala de los pasos perdidos 1
Sala Santa Isabel
Otros alfarjes
